Вот ещё одно письмо Минфина, где человек не ошибся и утверждает обратное - это на тот случай, если письмам Минфина доверяете больше, чем Федеральному закону :)).

"Письмо Минфина РФ от 05.10.2010г. № 03-04-05/9-593
Вопрос: Семья приобрела квартиру за счет собственных и заемных средств банка. Часть банковского кредита погашается материнским капиталом. Предоставляется ли имущественный налоговый вычет по НДФЛ в части расходов, направленных на погашение кредита банка, в данном случае?

Ответ: МИНИСТЕРСТВО ФИНАНСОВ РОССИЙСКОЙ ФЕДЕРАЦИИ

ПИСЬМО от 5 октября 2010 г. N 03-04-05/9-593

Департамент налоговой и таможенно-тарифной политики рассмотрел обращение по вопросу предоставления имущественного налогового вычета по налогу на доходы физических лиц и в соответствии со ст. 34.2 Налогового кодекса Российской Федерации (далее - Кодекс) разъясняет следующее. Подпунктом 2 п. 1 ст. 220 Кодекса установлено, что при определении размера налоговой базы налогоплательщик имеет право на получение имущественного налогового вычета, в частности, в сумме, израсходованной им на новое строительство либо приобретение на территории Российской Федерации квартиры, комнаты или доли (долей) в них, в размере фактически произведенных расходов, но не более установленного размера. Согласно абз. 26 пп. 2 п. 1 ст. 220 Кодекса имущественный налоговый вычет, предусмотренный данным подпунктом, не применяется в случаях, если оплата расходов на строительство или приобретение жилого дома, квартиры, комнаты или доли (долей) в них для налогоплательщика производится, в частности, за счет средств материнского (семейного) капитала, направляемых на обеспечение реализации дополнительных мер государственной поддержки семей, имеющих детей. При этом в соответствии с п. 34 ст. 217 Кодекса сами средства материнского (семейного) капитала, направляемые для обеспечения реализации дополнительных мер государственной поддержки семей, имеющих детей, не подлежат налогообложению налогом на доходы физических лиц.
Таким образом, имущественный налоговый вычет может быть представлен только в той части расходов, которые были произведены за счет собственных средств налогоплательщика без привлечения средств материнского (семейного) капитала.

Заместитель директора Департамента налоговой и таможенно-тарифной политики С.В.РАЗГУЛИН

НК РФ Статья 220. Имущественные налоговые вычеты:
6. Право на получение имущественных налоговых вычетов, предусмотренных подпунктами 3 и 4 пункта 1 настоящей статьи, имеют налогоплательщики, являющиеся родителями (усыновителями, приемными родителями, опекунами, попечителями) и осуществляющие новое строительство либо приобретение на территории Российской Федерации за счет собственных средств жилого дома, квартиры, комнаты или доли (долей) в них, приобретение земельных участков или доли (долей) в них, предоставленных для индивидуального жилищного строительства, и земельных участков или доли (долей) в них, на которых расположены приобретаемые жилые дома или доля (доли) в них, в собственность своих детей в возрасте до 18 лет (подопечных в возрасте до 18 лет). Размер имущественных налоговых вычетов в указанном в настоящем пункте случае определяется исходя из фактически произведенных расходов с учетом ограничений, установленных пунктом 3 настоящей статьи.

Если 3 000 000 - это были личные средства, без материнского капитала, субсидий или иной гос. программы, то вычет по расходам можете применить (необходимо заявить в декларации).
В обратном случае можете воспользоваться стандартным вычетом на миллион соразмерно долям (в Вашем случае 100 000 рублей за каждого ребёнка, при продаже квартиры одним договором). Если средства личные, семейные, то в декларации заявляйте вычет по расходам (более выгодный для в Вашей ситуации). Вычеты носят заявительный характер - какой из этих двух заявите, тот и примут.